民國 43 年 9 月，設立蚵寮國民學校雙春分班。
民國 44 年 9 月，設立蚵寮國民學校雙春分校。
民國 48 年 8 月，獨立設校，定名為台南縣北門鄉雙春國民學校。
民國 57 年 8 月，更名為雙春國小。
民國 93 年 6 月，出版《雙春海濱尋寶記》。
民國 99 年 12 月，縣市合併，更名為臺南市北門區雙春國民小學。
民國 104 年 1 月，《雙春海濱尋寶記》由雲管區選為贈送遊客的導覽手冊。

本校概況
本校位於雙春里 10 鄰 35-2 號。雙春是一個典型淳樸的漁村，位於八掌溪與急水溪口之間的沖積地，居民多從事魚塭養殖。雙春國小臨近今雙春濱海遊憩區，生態豐富，自然景觀得天獨厚。自民國 43 年設校以來，學校與庄村共同經歷了超過一甲子的歲月，學校與社區關係密切。
但近年來鹹水魚塭的經濟效益不如從前，青壯輩人口外流嚴重，村落明顯老化，雙春國小也面臨著偏鄉小校併校的危機。
故近年來雙春國小以生態性、社區化的學校為定位，積極發展其頗具特色的海洋生態課程，增強學童及其家長的就讀意願，並配合社區整體營造，冀透過觀光生態的行銷，促進地方經濟發展及人口回流，讓社區與學校能持續共存雙贏。